Sindirim sistemi; yemek borusu, mide, oniki parmak barsağı, ince barsak ve kalın barsaktan oluşan bitişik, bütün bir sistemdir. Sindirim sistemi safra kesesi, karaciğer ve pankreas salgıları ile sindirim olayına katkıda bulunur. Sindirim, yemeğin ağza alınmasından hatta yemek yemenin düşünülmesiyle başlayan çok karışık mekanizmaların devreye girmesi ile gerçekleşen, fakat insanın hiçbir rahatsızlık duymadan tuvalete gitmesi ile sonlanan mükemmel bir olaydır. Ancak ağızdan makata kadar herhangi bir aşamadaki bir problem hastalarda çeşitli yakınmalara yol açmaya başlar. Sindirim sistemi hastalıklarında belirtiler; ağızda kuruma, yutma güçlüğü, şişkinlik, çabuk acıkma, yanma, ekşime, ağza acı su gelmesi, mide ve karın ağrısı, gaz, bulantı, kusma, kabızlık, ishal ve ağızdan ya da makattan kan gelmesidir.

Sindirim sistemi ile ilgili çeşitli şikayetleri bulunan hastaların muayenesi ile kesin teşhise ulaşmak kolay değildir. Yakınmalar birçok hastalık için ortaktır. Örneğin gastrit, ülser, kolit ya da safra kesesi taşında göbek üstü ve çevresinde ağrı hissedilir. Ağrının yerine ve özelliğine bakarak kesin ayrım yapmak mümkün değildir. Bugün gastrit, ülser, kolit, yemek borusu, mide ve kalın barsak kanseri gibi hastalıklar endoskopi işlemi ile teşhis edilebilmektedir.

Endoskopi, kıvrılabilen (fleksibl) özellikte optik sistem içeren cihazlar ile ağızdan veya makattan sindirim sistemine girilerek yapılan inceleme yöntemidir. 1960 yılında dünyada ilk defa kullanılmış, son yıllarda ülkemizde de yaygın şekilde kullanılır hale gelmiştir. Mide ya da barsak filmi artık nadiren ve özel durumlarda kullanılmaktadır. Endoskopinin teşhis gücü baryumlu filmlerden çok daha yüksektir. Endoskopi işlemi inceleme alanına göre isimlendirilir. Yemek borusu, mide ve oniki parmağın incelenmesine gastroskopi, kalın barsağın makattan girilerek incelenmesine de kolonoskopi adı verilir. Her iki işlemde de görüntü ekrana yansıtılarak odadakiler tarafından seyredilebilir (videoendoskop). Gastroskopi işlemi hastada öğürmeye, kolonoskopi işlemi ise karın ağrısına yol açabilir.

Her iki işlem öncesinde yapılan ağrı kesici ve sakinleştiriciler ile hastanın rahatsızlık duymaması için önlem alınır. İşlem sırasında gerekliyse ağrısız bir şekilde biyopsi alınabilir. Endoskopi işleminin sindirim sisteminde teşhis dışında tedavi amacı ile kullanıldığını da belirtmeliyiz. İlaç tedavisi ile durdurulamayan mide ve barsak kanamalarının kaynağını bulup kanamayı dondurucu ilaç (skleroterapi) uygulaması yapmak, laser ve benzeri yollar ile kanamayı durdurmak mümkündür. Ayrıca safra yollarında kalmış safra taşları, yutulan toplu iğne gibi cisimlerin çıkarılması da endoskopi işlemi ile gerçekleşmektedir.